Fundacja Batorego 11 grudnia 2020 roku zwróciła się do PKP PLK S.A. z zapytaniem o kwestię kar wobec Wykonawcy, które naliczył Zamawiający za za zwłokę w realizacji poszczególnych Etapów Kontraktu, na które otrzymała odpowiedź 28 grudnia. Fundacja 9 marca 2021 roku poprosiła Zamawiającego o doprecyzowanie odpowiedzi, które wcześniej otrzymała. Spółka odpowiedziała 31 marca. Fundacja zwróciła się do Zamawiającego z kolejnymi pytaniami w tej sprawie 23 lipca. Zamawiający odpowiedział 27 września.