Fundacja Batorego 6 listopada 2019 roku skierowała do PKP PLK S.A. zapytanie w kwestii braku terminowej zapłaty za prawidłowo wystawioną fakturę VAT, na które otrzymała odpowiedź 13 listopada. Z uwagi na powtarzające się problemy z płatnościami, Fundacja dwukrotnie poprosiła Spółkę o ponowne ustosunkowanie się do sprawy 28 kwietnia oraz 11 grudnia 2020 roku i otrzymała odpowiedzi kolejno 13 maja i 28 grudnia.