PKP PLK S.A. 20 listopada 2020 roku poinformowała Fundację Batorego o problemach związanych z budową przejścia podziemnego w Poraju, za które obwiniała Wykonawcę. Z kolei ZUE S.A. pismem z 2 grudnia zgłosiło nadużycie , którego dopuścić się miał Zamawiający. Fundacja odniosła się do pisma PKP PLK S.A. wraz z pytaniami w sprawie 3 grudnia i otrzymała odpowiedź cztery dni później. Fundacja 11 grudnia wystosowała pismo do Prezesa Zarządu PKP PLK S.A., w którym poprosiła o rozmowę z przedstawicielami zarządu argumentując to alarmującą sytuacją. Zdalne spotkanie przedstawicieli Zamawiającego oraz Fundacji Batorego i jej konsultantów odbyło się 17 grudnia, a z jego przebiegu powstała notatka.
W sprawie sporu 22 grudnia odbyło się także specjalne spotkanie przedstawicieli Ministerstwa Funduszy i Polityki Regionalnej oraz Fundacji Batorego z którego przebiegu również powstała notatka. W nawiązaniu do tematów poruszanych podczas tego spotkania, 11 stycznia 2021 roku Ministerstwo poinformowało Fundację o tym, że IZ POIiŚ zwróciła się do CUPT z prośbą o wstrzymanie certyfikacji i refundacji dla projektu objętego monitoringiem w ramach Paktu Uczciwości. 12 marca, po kolejnym spotkaniu z Ministerstwem, Fundacja przedstawiła swoją ocenę szczególnie istotnych sytuacji dotyczących inwestycji objętej Paktem Uczciwości.
23 grudnia Spółka odpowiedziała na wcześniej otrzymane od Fundacji pismo, przedstawiając swoją stronę trwającego sporu oraz zaprosiła Fundację do pełnienia roli obserwatora w specjalnej komisji negocjacyjnej. Fundacja 7 stycznia 2021 wyraziła chęć udziału w komisji oraz wystosowała prośbę o udostępnienie istotnych dla sprawy dokumentów, które otrzymała 15 stycznia 2015 roku. 9 lutego, po odbyciu się czterech spotkań zespołu negocjacyjnego, Fundacja wysłała PKP PLK S.A. pismo, w którym przedstawiła oraz rozwinęła swoje postulaty dotyczące polubownego rozwiązania sporu dotyczącego budowy przejścia podziemnego w Poraju oraz przedstawiła zastrzeżenia do toczących się negocjacji, na co Spółka odpowiedziała 25 lutego. Fundacja 3 marca podtrzymała swoje uwagi dotyczące procesu negocjacji i poprosiła o informację, kiedy zarząd PKP PLK S.A. zatwierdzi skierowanie sprawy do mediacji oraz kiedy przejście podziemne w Poraju zostanie oddane do użytku. Odpowiedź Spółki nadeszła 16 marca do której Fundacja ustosunkowała się dzień później, prosząc także o informacje dotyczące decyzji w sprawie mediacji, informacje na temat notatek oraz innych dokumentów dotyczących komisji negocjacyjnej. Fundacja poprosiła także o przekazanie brakujących dokumentów oraz o zaakceptowanie aneksu wydłużającego termin zakończenia Paktu Uczciwości. W sprawie mediacji PKP PLK S.A. udzieliła odpowiedzi 18 marca, a do pozostałych kwestii ustosunkowała się 23 marca. W dniu 16 lipca Fundacja zwróciła się do Spółki z zapytaniem o to, czy postępowanie mediacyjne się zakończyło, na co PKP PLK S.A. odpowiedziała 20 lipca. 23 sierpnia Zamawiający, w odpowiedzi na interwencję Fundacji, poinformował, że uruchomiona została procedura wyboru wykonawcy, który ukończy budowę przejścia podziemnego, a 14 września poinformował, że podpisana została umowa z nowym wykonawcą.